El diagnóstico diferencial de la paragonimiasis pulmonar se basa en el cuadro clínico que presenta, al haber tos con esputo hemoptóico o hemoptosis (tos con sangre) se debe considerar cuadros compatibles con tuberculosis pulmonar, cáncer pulmonar, hemosiderosis pulmonar, neumonia e histoplasmosis, entre otros. Se diagnostica paragonimiasis cuando a estos pacientes diagnosticados con tuberculosis, no se les encuentra el bacilo de Koch en el esputo.La paragonimiasi de tipo cerebral debe diferenciarce de tumores, quiste hidatídico, cisticercos y diversas causas de encefalitis.
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